基于高通量测序的虾夷扇贝基因组微卫星特征分析
2017-12-11分类号：S917.4
【部门】农业部海洋渔业可持续发展重点实验室中国水产科学研究院黄海水产研究所 青岛海洋科学与技术国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室 上海海洋大学水产与生命学院 大连海洋大学水产与生命学院
【摘要】为全面了解虾夷扇贝(Patinopecten yessoensis)微卫星分布频率和数量,深化对虾夷扇贝基因组的认识,本研究运用第二代高通量测序技术,进行虾夷扇贝简化基因组测序(RAD-seq),从基因组水平阐明虾夷扇贝基因组微卫星特征。结果显示,简化基因组测序共获得序列总长为92,551,435 bp,经过滤筛选,获得259,535个contig,其中,包含微卫星序列3618条,经引物设计共获得3460对微卫星引物。统计微卫星序列的重复类型,其中,三核苷酸重复单元数量最多(1587个,45.87%),其
【关键词】虾夷扇贝 二代测序 基因组 微卫星
【基金】“十二五”农村领域国家科技计划课题(2012BAD18B03);; 山东省泰山学者建设工程专项共同资助
【所属期刊栏目】渔业科学进展
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