文冠果转录组SSR特征分析及EST-SSR标记开发
2017-01-16分类号：S565.9
【部门】西北农林科技大学林学院 北京林业大学生物科学与技术学院 北京林业大学自然保护区学院
【摘要】【目的】利用高通量测序技术分析文冠果转录组中SSR位点分布类型与特征,并设计开发EST-SSR标记,为文冠果的遗传多样性分析提供标记资源。【方法】利用MISA软件筛选文冠果51 867条unigenes中的SSR(26bp)位点,统计分析SSR位点的分布特征、发生频率和平均分布距离。利用Prime 3在线软件随机设计合成60对EST-SSR标记,用我国7个省份的16份文冠果材料对所设计的标记进行多态性筛选;用Popgene 32软件分析标记的等位基因数(NA)、观测杂合度(HO)、期望杂合度(HE)和多态
【关键词】文冠果 转录组 EST-SSR标记 多态性分析
【基金】国家“十二五”科技支撑计划项目(2011BAD22B08);; 国家林业公益性行业科研专项(201004001);; 西北农林科技大学博士科研启动基金项目(Z109021508)
【所属期刊栏目】西北农林科技大学学报(自然科学版)
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