【摘要】合作社治理的目标就是协调合作社相关主体之间的利益关系,达到良性互动,提高竞争力。依据农民专业合作社产业链创新、科技创新、人力资源培养和制度创新等一系列内容,从治理结构层面来分析农民专业合作社发展中的治理困境,并提出了促进其持续发展的理念和方法,即提升农民专业合作社在产业融合中的实力,提高科技创新能力,增加人力资本存量,规范合作社管理以及政府合理定位,更好地发挥农民专业合作社创新体系的效能。