基于RNA-seq数据大规模挖掘蜜蜂球囊菌的SSR分子标记
2017-07-18分类号：S895
【部门】福建农林大学蜂学学院
【摘要】基于已获得的球囊菌转录组数据预测微卫星标记(SSR),并进行SSR位点的信息分析和SSR引物的挖掘.利用软件MISA对球囊菌转录组中42610条unigenes进行搜索,共预测出7968个SSRs,分布于5233条unigenes中,其中最主要的重复类型为三核苷酸重复(53.15%),其次为二核苷酸重复(32.32%)和四核苷酸重复(8.46%).二核苷酸重复中的基序主要是AG/CT(占总量的15.8%).针对所有的SSR位点,利用Primer Premier 5软件设计出6956对SSR特异性引物,随机
【关键词】蜜蜂球囊菌 微卫星标记 转录组 RNA-seq
【基金】现代农业产业技术体系建设专项资金(CARS-45-KXJ7);; 福建农林大学科技发展资金(KF2015123);; 国家自然科学基金(30800806)
【所属期刊栏目】福建农林大学学报(自然科学版)
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