三江黄牛全基因组数据分析
2017-01-06分类号：S823.81
【部门】西南民族大学动物遗传育种学国家民委-教育部重点实验室 西南民族大学青藏高原研究院 阿坝州畜牧科学研究所 阿坝州畜牧工作站 汶川县畜牧工作站
【摘要】【目的】研究三江黄牛群体遗传多样性,从基因组层面讨论其群体遗传变异情况。【方法】提取50个体基因组总DNA,等浓度等体积混合,构建混合样本DNA池,利用CovarisS2进行随机打断基因组DNA,电泳回收长度500 bp的DNA片段,构建DNA文库。应用Illumina HiSeq 2000测序,最终得到测序数据。利用BWA软件将短序列比对到牛参考基因组(UMD 3.1),来检测三江黄牛基因组突变情况。SAMtools、Picard-tools、GATK、Reseqtools对重测序数据进行分析,Ense
【关键词】三江黄牛 基因组 第二代测序技术 SNP indel
【基金】四川省科技厅项目(2015JY0248);; 中央高校服务民族地区发展项目(2015NFW01)
【所属期刊栏目】中国农业科学
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