基于柿雌雄花芽转录组测序的SSR和SNP多态性分析
2017-10-15分类号：S665.2
【部门】国家林业局泡桐研究开发中心 中国林业科学研究院经济林研究开发中心
【摘要】为深入开发柿SSR和SNP分子标记,进而推动柿品种鉴定和遗传多样性等研究,以‘禅寺丸’柿的雌雄花芽转录组序列为基础,对SSR和SNP位点进行发掘。结果表明:转录组测序获得了154 741条unigene,其中有38.49%unigene在数据库中得到注释。利用MISA软件进行SSR位点的搜索,共得到44 304个SSR,包含83种重复基元,其中以A/T类型为主的单核苷酸重复所占的比例最高(20 006个,占47.63%),其次是以AG/CT类型为主的二核苷酸重复(16 055个,占38.23%),再次是以
【关键词】柿 转录组测序 SSR标记 重复基元 SNP
【基金】青年科学基金项目(31500559);; 中国林科院青年项目配套类(CAFYBB2016QB017);; 河南省基础与前沿技术研究项目(152300410135)
【所属期刊栏目】中国农业大学学报
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