【摘要】利用20092015年我国30个省市的面板数据,分析政府R&D资助对区域创新能力影响的地区差异,并从政府R&D资金分配结构视角探求差异原因,挖掘政府R&D资助执行过程中存在的问题。研究发现:地区间投向高校的政府R&D经费对区域创新能力的促进作用都很明显,而投向企业的政府R&D资金收效甚微,投向科研院所的政府R&D资金比例最大,但并没有对区域创新能力提升发挥应有的作用;政府R&D资金分配结构不合理、创新主体资金使用效率不高是制约政府R&D资助发挥作用的主要原因。