【摘要】文章剖析了我国纵向科研经费问责制概念理解存在偏差、监督机制缺失、绩效评价问责功能缺失、信息不透明四个主要问题,利用委托代理理论从科研经费提供者、高校与科研项目组三者之间的互动作用进行分析,探索改善高校纵向科研经费绩效管理的问责机制,并提出从宏、中、微三个层面出发形成政府主导性问责、科研单位基础性问责、其他利益相关者补充性问责机制的建议。